基金预算结余是指各级财政管理的政府性基金收入和支出年终相抵后的差额，是财政三项结余的一种。属于各级财政部门的净资产。

基金预算结余应每年结算一次。年终财政部门将基金预算收入、补助收入（基金预算补助）等，与相应的支出；基金预算支出补助支出（基金预算补助）、调出资金等冲销后，即为当年的基金预算结余。当年预算结余加上上年年末基金预算滚存结余为本年年末基金预算滚存结余。

财政部1997年6月颁布的《财政总预算会计制度》设置“基金预算结余”科目对基金预算结余进行核算。年终，财政部门将全年的“基金预算收入”、“补助收入--基金预算补助”等科目，贷记“基金预算结余”科目；将全年的“基金预算支出”、“补助支出--基金预算补助”、“调出资金--基金预算”科目的期末借方余额转入“基本预算结余”科目的借方，即，借方“基金预算结余”科目，贷记“基金预算支出”、“补助支出--基金预算补助”、“调出资金--基金预算”等科目。“基金预算结余”科目的年终贷方余额，反映本年基金预算滚存结余，转处下年度。该科目应根据基金预算科目所列的基金项目逐一反映各项基金的结余。