船舶航行权是指船舶在海洋上航行的权利。由于不同海洋区域的法律地位不同，船舶在不同海洋区域的航行权也随之不同。

一、船舶在他国内水的航行权

内水是指国家领陆以内以及领海基线向陆一侧的水域。沿海国对其内水享有完全的、排他的主权，因而，有权禁止一切外国船舶进入。获准进入内水的外国船舶，必须严格地遵守沿海国的法律及有关规定，且只能停靠该国对外开放的港口。因遭遇海难或其他原因而进入内水的外国船舶，各国在国内法中对其进入、驶离及航行通常有严格的规定。

二、船舶在他国领海的航行权

领海是指沿海国根据国家主权划定的领海基线向外延伸的一定范围的海域，包括该海域的上空、海床和底土。

根据海洋法原则，沿海国有权根据本国地理、经济、政治等因素，在合理范围内自行确定一定宽度的海域作为本国的领海。据此原则，各国确定的领海宽度差异很大，从3海里至200海里不等。《联合国海洋法公约》则规定，每一国家有权确定其领海的宽度，直至从按照该公约确定的领海基线量起不超过12海里的界限为止。我国是《联合国海洋法公约》的缔约国，早在1958年领海声明中就宣布，我国领海宽度为12海里。1992年颁布的我国《领海与毗连区法》再次明确：中华人民共和国的领海宽度从领海基线量起为12海里。

领海基线确定的方法有三种，第一种是正常基线，亦称低潮基线或自然基线，以最低低潮线(即官方承认的大比例海图上表明的海岸低潮线)作为领海基线；第二种是直线基线，也叫折线基线，以大陆岸上和沿海外岛屿上选定适当的点作为基点，然后将相邻的基点用直线连接起来构成的折线作为领海基线；第三种叫做混合基线，指同时采用正常基线和直线基线作为领海基线。

领海是国家领土的一部分。外国船舶一旦进人他国领海，必须遵守沿海国的有关法律、法规。在此前提下享有“无害通过权”。所谓“无害通过权”是指在不损害沿海国和平、安全及良好秩序的前提下，通过沿海国领海的权利。《联合国海洋法公约》规定，下列任何一种行为或活动，都将被视为损害沿海国和平、安全和良好秩序：

(1)对沿海国的主权、领土完整或政治独立进行任何武力威胁或使用武力；

(2)以任何种类的武器进行任何操练或演习；

(3)任何目的在于搜集情报使沿海国的防务或安全遭受损害的行为；

(4)任何目的在于影响沿海国防务或安全的宣传行为；

(5)在船上起落或接载任何飞机；

(6)在船上发射、降落或接载任何军事装置；

(7)违反沿海国海关、财政、移民或卫生法律和规章，上下任何商品、货币或人员；

(8)违反本公约规定的任何故意和严重的污染行为；

(9)任何捕鱼活动；

(10)进行研究或测量活动；

(11)任何目的在于干扰沿海国通信系统或其他设施或设备的行为；

(12)与通过没有直接关系的任何其他活动。

三、船舶在他国管辖的其他水域中的航行权

国家管辖水域是指领海及内水以外的处在沿海国一定管辖下的水域，如毗连区和专属经济区等。由于这些水域既非公海，也非领海，因而船舶在这类海域的航行权，较之“无害通过权”要更自由一些，但要受到沿海国为这类海域制定的某些专门规定的限制。

四、船舶在公海航行权

公海是指不包括在国家专属经济区、领海或内水或群岛国的群岛水域以内的全部海域。

公海航行自由是“公海自由原则”的重要组成部分。任何船舶只要在一国进行登记，取得该国国籍，就可以悬挂该国国旗，在公海上自由航行。

根据国际关系准则，为了保证公海的良好秩序，各国均有权对违反国际法的行为，如海盗行为、贩卖奴隶、贩运毒品、非法广播、倾倒放射或有毒物质污染公海的行为等进行干涉。

船舶在公海的航行自由权有以下例外情况：

紧追权(Right of Hot Pursuit)：沿海国的军舰或经政府授权并带有明显标志的政府公务船或飞机，对违反沿海国法律的外国船，有权进行追逐，直至公海，并可将其拿捕，押回紧迫国港口进行审讯。紧迫权必须是自外国船或其小艇之一处在追逐国内水、领海或毗连区内开始。如外国船违反了专属经济区、大陆架等的法律，追逐也可以从这些区域内开始。追逐只有在外国船舶视听所及的距离内发出视觉或听觉的停驶信号后才能开始，并且追逐必须连续不断地进行。当被追逐的船舶进入本国或第三国领海时，紧追权即告终止。紧迫权不得滥用，如经证明紧追权使用不当，则对被紧追船造成的损害或损失，应予以赔偿。

登临权(Right of Approach)：也称临检权，军舰或经政府授权并带有明显标志的政府公务船或飞机，在公海上遇到有从事海盗、贩卖奴隶的嫌疑，或从事未经许可的广播，或无国籍等违反国际法的行为的外国商船，有权登临该船，检查该船国籍及船舶文件，如有必要，可作进一步的检查或搜查。但登临权不得滥用，如经证明怀疑无根据，则对被登临船造成的损害或损失。应予以赔偿。

油污干预权(Right of Intervening in Oil Pollution)：沿海国对在公海上发生的油污事件，如有根据地预计到会对本国造成严重后果，有权采取必要的措施，以防止、减轻或消除对沿海国海域产生严重和紧急的油污危险或油污威胁。