功能预算是指在编制预算时，不以预算部门作为划分标准，而是根据政府的职能和经费性质对开支加以分类进行预算编制的方法。

传统的功能预算是一种不分组织单位和开支对象，而是按照政府目标或职能对开支加以分类的方法，便于了解政府的行使职能，如基建支出、支农支出等项目的数额，但却存在其难以克服的缺陷，表现为：

1．部门没有一本完整的预算。

各部门的预算一般只反映预算内资金的日常经费收支，不反映预算内安排的建设性和事业发展性支出，也不包括预算外资金和自有资金。

2．预算编制粗糙，缺乏部门内部责任机制和外部有效的监督机制。

没有将预算指标细化到部门和单位，这在一定程度上影响了人大代表审查监督作用的发挥。

3．预算编制缺乏科学、必要的定员定额标准。

人员和公共资源的底数不清，预算分配和资金使用的透明度低。

4．预算资金分配权分散。

一个单位或部门的资金多口供应，不仅仅由财政内部不同的职能机构分兵把口，也存在财政和部门分头供给资金的情况。

5．预算约束软化。

一方面是预算机动权力过大，形成预算的二次分配，助长了“跑部钱进”，容易滋生腐败；另一方面是预算执行过程中追加追减的情况时有发生。从下达预算开始到年终，追加预算的报告不断，财政部门忙于应付追加追减的审核，日常监督和管理工作弱化。

部门预算与功能预算相比，既有相同之处，又有不同之处。