专用基金支出是指用专用基金收入安排的支出。如粮食风险基金支出等。

作为具有特定用途的资金，专用基金在管理与核算上必须遵循先收后支、量入为出的原则。

总预算会计设置“专用基金支出”科目，核算由专用基金收入所安排的支出，该科目按支出的项目设明细账。发生专用基金支出时借记该科目，贷记“其它财政存款”科目；支出收回时借记“其它财政存款”科目，贷记该科目，平时本科目借方余额反映专用基金支出累计数；年终冲销结转时将该科目的余额如数转入“专用基金结余”科目，借记该科目，贷记“专用基金结余”科目。年终结转后本科目无余额。