专款专用原则，是指对指定用途的资金，应按规定的用途使用，并单独反映。

这条原则是事业单位会计特有的一条准则，它只存在于事业单位会计，包括医院。在资金投入主体较多，投入项目较多的医院，必须按资金取得时规定的不同用途使用资金，专款专用并专设账户；会计报表应单独反映其取得、使用情况，从而保证专用资金的使用效果。

在事业单位，出资者对其所提供的资金不要求取得资本收益和资本回收，但有着按预定用途使用的要求。所以事业单位的专用基金、投资基金都必须按规定的用途使用。对于事业基金也应按规定使用范围使用，不得移作他用，特别不得用于生产经营和对外投资。

实行专款专用的原则，有利于保证事业单位的事业活动的顺利开展。